2.总理事会
在部长级会议休会期间，其职能由总理事会行使，总理事会也由全体成员组成。总理事会可视情况需要随时开会，自行拟订议事规则及议程。同时，总理事会还必须履行其解决贸易争端和审议各成员贸易政策的职责。
总理事会下设货物贸易理事会、服务贸易理事会、知识产权理事会，这些理事会可视情况自行拟订议事规则，经总理事会批准后执行。所有成员均可参加各理事会。
3.各专门委员会
各专门委员会部长会议下设立专门委员会，以处理特定的贸易及其他有关事宜，已设立贸易与发展委员会，国际收支限制委员会，预算、财务与行政委员会，贸易与环境委员会等10多个专门委员会。
4.秘书处与总干事
由部长级会议任命的总干事领导的世界贸易组织秘书处（下称秘书处），设在瑞士日内瓦，大约有500人。秘书处工作人员由总干事指派，并按部长会议通过的规则决定他们的职责和服务条件。部长会议明确了总干事的权力、职责、服务条件及任期规则。世界贸易组织总干事主要有以下职责：他可以最大限度地向各成员施加影响，要求它们遵守世界贸易组织规则；总干事要考虑和预见世界贸易组织的最佳发展方针；帮助各成员解决它们之间所发生的争议；负责秘书处的工作，管理预算和所有成员有关的行政事务；主持协商和非正式谈判，避免争议。