1940年3月，汪伪国民政府成立，北平的伪临时政府解散。另设伪华北政务委员会，汤尔和任该委员会的教育总署督办。11月，汤尔和病死，汤在临死前极力推荐周作人继任。到了1941年1月，周作人接任了这一职位。同时还兼任“剿共”委员会委员，新民总会会员。当年的4月，他以教育督办的身份出访日本。
1942年5月，为庆祝伪“满洲帝国”成立十周年，周作人竟同汪精卫一同赴“满洲国”访问，在长春拜会了溥仪。更严重的是他在出任伪华北新民青年团副统监时，曾身着日本式军服，戴着日本式战斗帽，陪同正统监王揖唐检阅了在天安门前举行的分列式。一个文人如此蜕变，真是令人可悲可恨。
1945年8月15日，日本宣布无条件投降。在全国人民的压力下，国民党当局从9月份起开始肃奸。周作人自然被列入大汉奸名单内。